Du côté de la concurrence, un certain Bioshock sort de l'ombre, forçant les équipes de Naughty Dog à revoir leurs plans et se tourner du côté de la seconde option, celle d'un shooter inspiré d'Indiana Jones. L'orientation est définie, il ne reste plus qu'à poser les bases du projet : très vite, le studio californien choisit de se concentrer sur les personnages et l'histoire, comme le montrent les propos de Josh Scherr, à l’œuvre depuis une quinzaine d'années chez Naughty Dog :
C'est quelque chose que nous avions imaginé — particulièrement en 2005, 2006 quand nous avons commencé le développement — comme une envie découlant de la majorité des jeux vidéo disponibles à l'époque. Nous voulions réellement raconter, pas uniquement faire quelque chose de sensationnel dans le style action-aventure, mais aussi essayer de développer des personnages pertinents, amusants et avoir une histoire qui vous tire durant tout le jeu.
La première version de Drake.
Autre point essentiel du projet, la partie technique qui pose quelques soucis au studio californien, à la peine – comme nombre d'autres développeurs – pour maîtriser pleinement les capacités techniques de la PS3, une console puissante mais moins facile d'accès pour les développeurs que sa rivale directe, la Xbox 360. Un défi d'autant plus compliqué qu'en marge de cet épisode, l'équipe doit également travailler sur un prototype destiné à la PSP, qui sera finalement annulé pour leur permettre de peaufiner au maximum la version destinée à la console de salon de Sony. Le pari sera finalement relevé avec brio par Naughty Dog, qui s'attirera d'ailleurs les faveurs de Sony dès la présentation de sa démo technique nommée "Big Project". Bluffante de réalisme par ses animations grâce à la technologie de la motion capture, elle dévoile également une toute première version de Drake fortement inspirée de… Johnny Knoxville, acteur casse-cou rendu célèbre par ses frasques dans Jackass. Finalement, les développeurs opteront pour un modèle de visage plus simple afin de coller au style réaliste du jeu et s'éloigner de leur habituelle patte "Cartoon". Nate conservera toutefois une touche d'humour qui se matérialisera à l'écran par de nombreuses remarques, un second degré permanent et une fâcheuse tendance à dédramatiser toutes les situations avec une plaisanterie.