On apprit finalement que l'Ur-Didacte, le premier, avait survécu. Mais il avait été torturé par le Fossoyeur, l'esprit commun des Floods, qui le rendit fou. Enfin rassemblés, l'Ur-Didacte, l'IsoDidacte, la Bibliothécaire et Faber décidèrent de comment poursuivre la guerre. Malgré la perte des Halos originaux, de nouveaux avaient également été construits. La petite Arche (Installation 00) créa des anneaux-mondes de 10.000 km de diamètre, au nombre de 7 (tous nouveaux, à l'exception de l'Installation 07 qui faisait partie du réseau originel, et qui, gravement endommagée, fut reconstruite en tant que septième Halo). Les forces des Floods continuèrent de croître, puisque chaque vaisseau perdu renforçait les flottes du parasite. Ce dernier réussit même à s'emparer de technologies Précurseurs, et provoqua des pertes catastrophiques dans le camp Forerunner.
L'Ur-Didacte, fou et borné, décida de recomposer des populations humaines afin de créer des guerriers Prométhéens mécaniques, dans une lutte désespérée contre le parasite. Il finit par être trahi par sa femme, la Bibliothécaire, qui l'emprisonna lui et ses machines dans le monde bouclier de Requiem, où elle laissa également un fragment de sa personnalité en tant qu'IA. Finalement, un conflit titanesque se produisit entre les Forerunners et les Floods, sur le lieu de la Grande Arche. Après la perte définitive du réseau de Halos originels et de la Grande Arche, ainsi que la mort de Faber et les dégâts collatéraux dans la galaxie voisine de Path Ketona, les survivants Forerunners battirent en retraite vers la petite Arche et décidèrent de tout miser sur le nouveau réseau de Halos. La Bibliothécaire partit pour une dernière mission sur Terre, où elle fit construire le Portail, une structure souterraine qui permettrait aux humains, un jour, d'accéder à la petite Arche (Installation 00), via un portail du sous-espace, afin de réclamer leur futur héritage. La Bibliothécaire refusa de se mettre à l'abri et resta sur Terre jusqu'à l'activation. En parallèle, l'IsoDidacte, aidé de l'IA Offensive Bias, mena une féroce bataille contre l'IA traître Mendicant Bias et ses hordes de flottes parasitées.
En fin de compte, l'IsoDidacte finit par activer les Halos, éliminant toute forme de vie dans la galaxie, à l'exception de celles sauvées sur l'Arche, sur les Halos et dans les mondes boucliers. Le Domaine, source de connaissances des Précurseurs, fut emporté avec les Floods. Offensive Bias vainquit Mendicant Bias, qui fut emprisonné sur l'Arche (un fragment de Mendicant put toutefois s'échapper et atteindre Janjur Qom, la planète des San'Shyuums, à bord d'un vaisseau). L'IsoDidacte et une poignée de survivants Forerunners, dont Chant de Verdure, celle que la Bibliothécaire avait choisie comme son héritière, supervisèrent le repeuplement des espèces de la galaxie depuis l'Arche. Ils disparurent ensuite sans laisser de trace, considérant que les Forerunners avaient été incapables de gouverner la galaxie. Le Manteau de responsabilité fut laissé vacant, et grâce aux dernières volontés de la Bibliothécaire, ce serait les humains qui pourraient réclamer cet héritage. En effet, les humains possédaient à présent un génocode particulier qui leur donnerait l'identité des Forerunners (et plus particulièrement du Didacte), leur permettant ainsi d'interagir avec la technologie et les vestiges abandonnés par les Forerunners. L'activation des Halos eut lieu en 97.445 avant J.-C. Les espèces furent ensuite repeuplées depuis l'Arche vers le reste de la galaxie, et les hommes purent de nouveaux recommencer une vie primitive sur la Terre.