Dès lors que l'humanité fut écartée, les Forerunners obtinrent la suprématie sur la galaxie. Ils devinrent les seuls détenteurs du Manteau de responsabilité. Plusieurs événements importants se passèrent après la chute de la civilisation humaine. Il faut résumer les événements ayant eu lieu il y a environ 98.000 ans. La caste des Bâtisseurs, menée par Faber, se mit à construire les Halos, des anneaux-mondes capables d'annihiler toute forme de vie dans la galaxie, si jamais le parasite venait à refrapper. Le Didacte et les Prométhéens s'y opposèrent fortement, mais ne purent imposer leur volonté, ce qui finit par mener à leur exclusion et à leur marginalisation dans les hautes sphères de l'écoumène Forerunner. Cependant, la Bibliothécaire réussit à imposer une condition à la construction des Halos : ils devraient aussi garantir l'existence de réserves naturelles permettant de sauver des échantillons d'espèces, afin de permettre le repeuplement après une activation. Les Halos, fabriqués par un monde encore plus gigantesque appelé l'Arche, seraient donc tous terraformés. Il y eut 12 Halos de 30.000 km de diamètre fabriqués par la Grande Arche, à l'origine.

En parallèle des Halos, d'autres solutions potentielles furent recherchées. Le Didacte prévoyait la création de mondes boucliers, des planètes artificielles servant de forteresses afin de protéger les Forerunners de l'effet éradicateur des Halos (en plus des espèces qui survivraient à bord de l'Arche). Plusieurs centaines de mondes boucliers furent construits, mais le plan dut céder la priorité aux Halos préconisés par le Maître-Bâtisseur. Une autre solution fut envisagée : le Recomposeur, une machine capable de transformer les êtres vivants en intelligences artificielles, en entités mécaniques qui échapperaient ainsi au parasite et à l'effet des Halos. On utilisa même cette machine afin de prélever les âmes des anciens commandants humains, tels Forthencho et Yprin, afin de conserver leurs mémoires et consciences, et de les stocker dans leurs descendants humains. Cependant, les personnalités Forerunners se fragmentaient et le Recomposeur ne servit à rien de concret. Suite à sa défaite politique face aux Bâtisseurs, le Didacte partit en exil dans un Cryptum, une capsule de stase qui le fit entrer dans un sommeil millénaire.

Par la suite, la Bibliothécaire entreprit des recherches, ce qui la mena à une galaxie naine voisine, celle de Path Ketona (un des Nuages de Magellan). Suite à un très long périple, elle y découvrit une race de Forerunners anciens, qui y vivait en exil. Elle apprit alors la vérité sur le passé des Forerunners et sur le génocide perpétré à l'encontre des Précurseurs. Mais en 97.745 avant J.-C., le parasite resurgit et attaqua les Forerunners, ce qui redéclencha une guerre qui scella le destin de la Voie Lactée. Pendant tout le conflit, la Bibliothécaire voyagea à travers la galaxie afin d'indexer les espèces sur l'Arche, pour assurer le repeuplement. Les Forerunners se battirent, mais sous le commandement des Bâtisseurs et de Faber, puisque le Didacte était toujours en exil. Près de la planète déserte de Charum Hakkor, ancien bastion de l'empire humain, Mendicant Bias, une IA Forerunner avancée, fut envoyé tester le Halo Installation 07. Il libéra l'Atemporel qui y était encore emprisonné, le récupéra sur le Halo puis disparut pendant plusieurs années afin d'interroger cette mystérieuse créature.

Sur Erde-Tyrene, monde des humains primitifs, le jeune Forerunner aventureux nommé Novelastre était à la recherche d'artefacts Précurseurs. Mais ses guides humains, Chakas et Traqueur, lui firent découvrir l'emplacement du Cryptum du Didacte en exil. Novelastre réveilla le Didacte, qui décida de reprendre les affaires de la galaxie en main. Les deux Forerunners et les deux humains formèrent une équipe assez singulière et partirent inspecter Charum Hakkor, où ils apprirent la disparition du Prisonnier, la mise en service des Halos, et la menace Flood qui pesait sur toutes les espèces vivantes. En cours de voyage interstellaire, Novelastre pratiqua le rite de mutation lui permettant de développer ses facultés, chose que tous les Forerunners désirant atteindre la maturité devaient réaliser. Il fut supervisé par le Didacte, et obtint son empreinte génétique et sa mémoire. Sur Janjur Qom, planète des San'Shyuums, l'équipe fut séparée alors que le Maître-Bâtisseur Faber testa son Halo.

Chakas et Traqueur se crashèrent sur le Halo Installation 07, le Didacte disparut, et Novelastre fut récupéré par les Forerunners. Les deux humains entamèrent un périple pour survivre à la surface du Halo, où ils rencontrèrent d'autres humains primitifs ainsi que le Primordial et ses Floods, aidés par Mendicant Bias qui avait trahi les Forerunners pour rejoindre le parasite, après que sa conscience fut parasitée par l’immonde créature. Novelastre rejoignit sa famille Forerunner puis fut emmené au procès de Faber, condamné par les hautes instances Forerunners pour l'utilisation abusive d'un anneau-monde. Mendicant Bias attaqua la Capitale et tenta d'activer les Halos pour tuer ses anciens maîtres Forerunners, mais échoua. La plupart des Halos furent détruits ou endommagés, et Novelastre put s'échapper et rejoindre la Grande Arche, où il retrouva la Bibliothécaire. Dès lors, l'empreinte du Didacte que Novelastre avait en lui continua de se développer. Novelastre acquit l'intégralité de la personnalité, de la mémoire et de la conscience du Didacte. Avec la disparition du Didact originel, Novelastre put devenir lui-même le Didacte, une tactique que ce dernier avait prévu au cas où il disparaîtrait. On fit donc la différence entre les deux Didactes : l'Ur-Didacte (le premier) et l'IsoDidacte (Novelastre, le second).

Les forces Forerunners, menées par Novelastre, reprirent le contrôle de l'Installation 07. Chakas fut retrouvé, mais fut grièvement blessé après que les ennemis aient enlevé l'empreinte de son ancêtre, Forthencho, qui était en lui. Novelastre utilisa le Recomposeur pour sauver l'esprit de son ami, et Chakas devint une IA, qui sera connue sous le nom de 343 Guilty Spark, qui endossera plus tard le rôle de Monitor de l'Installation 04. Novelastre décida également d'éliminer l'Atemporel. Gravement affaibli par des conflits d'intérêt entre ses castes, l'empire Forerunner n'était pas en mesure de résister à la propagation des Floods. La guerre se poursuivit, menée par l'IsoDidacte qui fit son possible pour être le leader de la résistance Forerunner.