Contrairement à ses apparences modestes, le destin de la petite boîte Xseed est intrinsèquement lié à celui du géant Square Enix. En effet, à la suite de la fusion des deux ancêtres Squaresoft et Enix en avril 2003, les bouleversements ont été retentissants pour l’industrie comme pour les joueurs - on en mesure encore les effets aujourd'hui. L’onde de choc toucha notamment la filiale américaine de Squaresoft, Square Electronic Arts devenue Square Enix USA Inc., dont certains employés voyaient d'un mauvais œil la gestion commerciale de certains projets sur le territoire nord-américain par les dirigeants japonais. De fait, septembre 2004 vit la démission de plusieurs grandes figures de la filiale avec à leur tête le PDG Jun Iwasaki, vétéran de longue date de l'industrie. On y trouvait en outre le directeur financier Kenzo Nogimura, le directeur commercial Ken Berry et quelques autres cadres.

La scission ne fut pourtant pas totale : dès novembre 2004 fut créée une nouvelle compagnie indépendante qui réunissait tout ce beau monde sous le nom de Xseed JKS Inc. La petite entreprise travailla quelque temps en free-lance et s'occupa entre autres du marketing et des ventes du blockbuster Kingdom Hearts II, ainsi que de Dirge of Cerberus : Final Fantasy VII et du film d'animation FFVII Advent Children. De bonnes relations avec leur ancien employeur facilitées par l'estime mutuelle entre Iwasaki et Tetsuya Nomura, producteur / créateur influent de Square Enix s’il en est. Des relations perdurent depuis leur travail respectif sur Final Fantasy VII, et qui furent récompensées par le succès occidental de KHII. D'autres contrats moins médiatiques les lièrent de près ou de loin à des projets diligentés par Namco Bandai. Ce genre de partenariat marketing dura un temps, celui de consolider la base de l'ambitieuse Xseed, bien décidée à prendre seule son destin en main. Dès la fin 2005, Xseed se mit à prospecter en quête de licences à localiser et récupéra les droits d'édition pour le continent nord-américain de Wild Arms 4 et Shadow Hearts : From the New World, deux jeux de rôle japonais au public restreint qui sortirent fin 2006 pour le plus grand bonheur des fans.

Ce n'était là que le début d'une belle histoire entre Xseed et son petit public, et qui perdure encore aujourd'hui. Bien sûr, la croissance d'un éditeur ne se fait pas sans son lot de rachats et de transferts. Ainsi, Xseed JKS fut absorbé par l'éditeur / développeur AQ Interactive (déjà détenteur entre autres du studio Cavia) en mai 2007. L'entité même fusionna avec Marvelous Entertainment en octobre 2011, après quelques années de partenariats éditoriaux, et Xseed devint Marvelous USA en mai 2013, tout en gardant la marque Xseed Games pour le marché des consoles et PC. Entre-temps la physionomie de la boîte changea énormément, à l'image d'un Jun Iwasaki parti chez Gungho Online Entertainment America en 2012 et remplacé par Shinichi Suzuki, ancien dirigeant d'Atlus USA. De la demi-douzaine d'employés initiaux, seul Ken Berry subsiste encore comme vice-président, heureusement rejoint par une ribambelle d'employés motivés. Et de la motivation, il en faut.