Pour débloquer le chapitre secret, il faut, une fois le jeu terminé, activer la quête donnée par la grenouille (Gekomatsu) qui se trouve sur le chemin vers le manoir du Hokage (dans l'écran avant de monter l'escalier en bois pour aller vers le manoir du Hokage). Cette quête consiste en la récupération de fragments de chakra (qui sont rendus visibles grâce au rosaire de chakra, objet donné au début de la quête) pour faire changer de couleur la statue donnée par Gekomatsu.

Il faut retourner voir Gekomatsu lorsque la statue est chargée à 500 unités de chakra (pour augmenter la limite à 5000 unités) et retourner le voir lorsque la statue est chargée à 5000 unités de chakra pour qu'il parle d'un fragment de chakra exceptionnel. Il suffit de trouver ce fragment de chakra, qui se trouve à l'ouest du village des nuages à l'endroit où se déroule combat final, pour débloquer le chapitre secret.

NB : retourner voir Gekomatsu à chaque fois que la statue change de couleur permet de débloquer des personnages qui pourront être mis dans l'équipe en parlant à la personne qui est dans le bureau du hokage.