En début de chapitre, prenez le contrôle de Superman et survolez le jardin botanique pour rejoindre le vaisseau de Lex Luthor. Alternez entre les différents personnages pour détruire l'arsenal du vaisseau de Lex ainsi que les hélicoptères des sbires. Dès que possible, utilisez superman pour détruire les canons et les plaques dorées.

Prenez le contrôle de Batman. Tout en évitant les barils, tirez les poignées rouge situées de chaque côté du vaisseau pour libérer les deux blocs dorés que Superman pourra détruire avec son laser. Détruisez les autres deux plaques situées en hauteur pour ouvrir la porte.

Tirez sur la poignée de l'hélicoptère avec le grappin pour éliminer le pilote. Détruisez la protection du panneau de contrôle sur la corniche de gauche à l'aide du batarang puis utilisez la vision de Superman pour désactiver le champ de force qui empêche Batman d'accéder à sa combinaison anti-choc.

Une fois le costume enfilé, vous pourrez charger la combinaison et faire fonctionner le plateau élévateur. Actionnez les deux leviers avec chacun des personnages pour ouvrir la porte. Découpez la plaque dorée, détruisez les blocs Lego disposés autour de pièce permettre à Superman d'ouvrir la poignée de la porte.

La salle suivante étant remplie de cryptonite, continuez la progression avec Batman. Utilisez le véhicule ennemi pour détruire le décor de la salle. Montez en priorité les pièces qui vous permettront de bloquer les écoutilles par lesquelles les sbires arrivent. Construisez les autres éléments Lego afin de récupérer une torpille. Une fois la torpille en place, détruisez la pièce jaune avec Superman pour la lancer sur la porte du fond.

Gelez les flammes Lego avec Superman pour pouvoir progresser. Fermez les deux sas ennemis avec Superman puis volez jusqu'au-dessus de la salle pour débloquer la combinaison chauve-souris de Batman qui vous permettra de détruire les plaques de verre Lego.

Empruntez les tuyaux d'aération pour rejoindre le toit. Il ne vous restera plus qu'à détruire la grande plaque de verre au centre de la pièce pour atteindre la salle de contrôle mais Joker et Lex parviendront une nouvelle à se faire la belle !