Avancez vers le nord et empruntez le couloir à votre droite. Arpentez l'unique chemin accessible et continuez sur la droite en arrivant au Pont de l'apocrypha. En allant sur la gauche et en empruntant le téléporteur au niveau inférieur, vous pouvez déboucher derrière une barrière que vous ne pouviez pas franchir dans l'Usine principale. Avancez vers votre objectif après la scène pour livrer un nouveau combat contre un boss.

Boss : Générateur apocrypha

Cet ennemi n'a rien de spécial hormis sa résistance digne de celle d'un boss. Certains de ses coups pourront vous faire tomber, mais en menant ce combat sérieusement, vous devriez vous en sortir sans problème dès le niveau 68. Le générateur détruit, Shulk obtient l'Art Cyclone, et vous êtes libre d'enchaîner avec un nouveau combat en empruntant le téléporteur face à vous.

Boss : Yaldabaoth

Autant l'annoncer d'emblée, cet affrontement est l'un des plus difficile du jeu (les plus durs restant à venir). Vous ne pourrez toucher votre adversaire au corps-à-corps qu'en étant devant lui, ce qui restreint vos possibilité, et il n'hésitera pas à invoquer différentes variétés de Mékons pour lui venir en aide. Il dispose également de coups pouvant faire chuter tous vos personnages ou les empêcher d'utiliser leurs Arts. La première partie du combat reste relativement simple : concentrez vos assauts sur Yaldabaoth en éliminant les drones qu'il vous envoie, et surtout, en gérant la situation au mieux lorsque les Mékons invoqués sont des Exterminateurs Clock. Dans ce cas de figure, il vous sera difficile de remporter la victoire, le boss pouvant arbitrairement décider d'invoquer trois fois de suite une paire de ces créatures, sapant vos forces et vous empêchant de l'atteindre.

Une fois la moitié de sa vie enlevée environ, une vision particulière interviendra. Vous aurez alors deux minutes pour la briser, en détruisant les trois Outils énergie disposés autour du boss. Ne perdez alors pas de temps avec les ennemis invoqués et concentrez-vous sur la destruction de ces tourelles, sous peine d'être trop juste au niveau du temps. La vision brisée, une troisième phase, identique à la première, peut débuter. Et là encore, la chance est votre meilleure alliée : plus Yaldabaoth invoquera d'Offensive Motor, plus vous aurez d'opportunités de lui causer des dégâts. Si les Mékons appelés en renforts sont des Exterminateurs et que la vie du boss est au plus bas, concentrez vos dernières forces sur Yaldabaoth. Vous pourrez ainsi sortir victorieux de cet âpre combat et assister à une cinématique lourde en révélations. La suite : un nouveau combat de boss !

Boss : Zanza

Vous ne contrôlez que Fiora durant ce combat, plus anecdotique qu'autre chose. Enchaînez les Arts au mieux, mais ne prenez pas ce combat trop au sérieux : il prendra fin avant que vous ne puissiez être vaincu. Suite à quoi, une nouvelle scène se déclenche, et vous regagnez le contrôle du groupe, privé de Shulk, devant un transporteur à emprunter sans délais.

La téléportation étant désactivée, vous devez regagner le Junks à pied. Après avoir rejoint le vaisseau, parlez à Mikol et choisissez la première option de dialogue pour continuer. Suite à la scène, un nouveau boss vous attend.

Boss : Telessia sureny

Relativement simple, ce boss nécessite surtout de la force brute et s'avouera vaincu une fois le tiers de sa vie enlevé. Si vous n'êtes pas en confiance, prenez tout de même Sharla dans votre équipe pour garantir votre survie et ainsi assister à plusieurs cinématiques.