Pour augmenter la taille de sa jauge de magie, Bayonetta a besoin de récupérer des fragments de perles lunaires. Deux fragments de perles lunaires permettent d'obtenir une unité en plus sur la jauge de magie. Voici la liste des fragments de perles lunaires qui ne sont pas achetables dans la boutique de Rodin, soit 16 fragments. NB : Les fragments ne sont récupérables que dans les niveaux de difficulté Normal et supérieur.

Fragment n°1

Chapitre I, dès le départ, il faut détruire tous les bancs de la gare, pour que le train parte. Le fragment de perle se trouve alors sur les rails.

Fragment n°2

Récompense de l'Alfheim n°1.

Fragment n°3

Récompense de l'Alfheim n°2.

Fragment n°4

Récompense de l'Alfheim n°4.

Fragment n°5

Obtenu dans la Tombe n°6.

Fragment n°6

Récompense de l'Alfheim n°5.

Fragment n°7

Obtenu dans la Tombe n°10.

Fragment n°8

Récompense de l'Alfheim n°7.

Fragment n°9

Récompense de l'Alfheim n°9.

Fragment n°10

Obtenu dans la Tombe n°14.

Fragment n°11

Récompense de l'Alfheim n°12.

Fragment n°12

Récompense de l'Alfheim n°13.

Fragment n°13

Obtenu dans la Tombe n°29.

Fragment n°14

Obtenu dans la Tombe n°33.

Fragment n°15

Obtenu dans la Tombe n°34.

Fragment n°16

Obtenu dans la Tombe n°44.