Sous-titré "Dept. Heaven, Episode IV", Knights in the Nightmare se place dans le même univers que celui des précédents jeux de rôle tactiques "Riviera - Yakusoku no Tchi" (La terre de la Promesse) et "Yugudora Union" de l'éditeur Sting. Mais ce quatrième épisode se déroule dans un nouveau lieu, et n'a pas de lien avec le scénario des 2 premiers RPG.
Il s'agit du quatrième épisode, et non pas du troisième. Et pourtant Sting n'a publié que 2 RPG de cette série... En effet, l'éditeur a décidé de faire paraître l'épisode IV de sa série, avant le troisième opus, un peu comme la série des Star Wars dans laquelle les films ne sont pas sortis dans l'ordre chronologique de l'histoire. Dans Knights in the Nightmare, vous incarnez Wisp, une "âme" qui se réveille dans une église au beau milieu d'une forêt tranquille. Profitez-en, car la suite du jeu va vous changer de ce genre d'environnement paisible. Vous avez du mal à rassembler vos souvenirs, et notamment ceux qui ont précédé votre décès. Vous ne vous rappelez même plus qui vous étiez avant que la mort vous frappe à l'épaule. En effet, vous êtes un esprit désincarné, représenté sur l'écran de la DS par une bulle.
En reprenant vos esprits, vous allez faire la connaissance de Maria. Elle va vous raconter que le royaume d'Aventheim est en proie au chaos. Son château est célèbre dans l'histoire de l'île de St Celestina pour avoir été le théâtre de nombreux affrontements et guerres au cours des siècles entre les différents royaumes. Sa position escarpée, au pied d'un lac aux eaux sombres, mais calmes, en fait une place forte de première importance. C'est d'ailleurs là que le souverain actuel avait placé sa résidence. "Avait" car on n'a plus de nouvelles de lui depuis le cataclysme qui s'est abattu. À la différence des guerres entre royaumes rivaux du passé, il s'agit d'un conflit beaucoup plus dramatique puisque c'est carrément les Forces du mal du prince des Ténèbres, Zolgornak, qui ont pris possession d'Aventheim. Wisps et Maria décident d'allier leurs ressources pour trouver la réponse à ces nombreuses questions et repousser les démons hors d'Aventheim. Maria veut savoir ce qu'il est advenu du Roi et comment la forteresse imprenable a bien pu tomber, suspectant une trahison dans l'entourage même du souverain. Elle sert de "bras armé"/garde du corps à Wisp. Wisp désire surtout retrouver son passé, découvrir qui il était et éventuellement se rematérialiser dans un corps. Les 2 compères décident de partir pour le château d'Aventheim.
Les combats ont lieu dans l'écran supérieur de la DS et se contrôlent au stylet dans l'écran tactile du bas. Ils se déroulent en plusieurs temps : après un écran qui présente l'arrivée sur le champ de bataille ou le nez à nez avec une tripotée de Pas-Beaux au détour d'un chemin, le joueur choisit dans l'écran du bas les troupes qu'il veut faire combattre, leur ordre de bataille, et sélectionne l'adversaire qu'il va affronter dans ce tour parmi le groupe des ennemis. Les attaques se déroulent comme d'habitude l'une après l'autre, avec à chaque fin d'attaque le retour à l'écran des choix tactiques. A la fin de l'affrontement, une animation monochrome vient clôturer les combats en dévoilant des événements antérieurs comme s'il s'agissait de souvenirs, récupérés dans les âmes des adversaires affrontés. Ces séquences cinématiques permettent d'en apprendre un peu plus sur le scénario à chaque combat remporté. Outre ces indices permettant de comprendre le scénario, la victoire permet également d'améliorer ses troupes. Le partage des dépouilles apporte de nouvelles armes et de nouveaux équipements, et il est possible de les "renforcer" à l'aide d'une série de paramètres variant suivant les items. Enfin, l'écran Tran-Soul permet de garder en vie une de ses unités qui viendrait de perdre tous ses points de vie dans le combat en "sacrifiant" un autre de ses combattants qui donne sa vie et un corps à l'âme du concurrent que l'on désire garder.